１、「労働基準法その他の法令の定めるところによる」と記載していませんか？
このままですと就業規則に記載していない事項に関し、すべて労基法や通達による解釈が優先されることになってしまいます。
２、「パートタイマー、アルバイト等に関し別に定めた場合はその規程による」と記載していながら別の規程が無いということはありませんか？
もし、別規程が無い場合は、パートやアルバイトについても就業規則の本則が適用されることになります。
３、「この規則は第２章で定める手続きにより採用された従業員に適用する。」
と記載されていればパートや嘱託の方を除外していると受け取れるので有効ですが、従業員とのトラブルを未然に防ぐためにも、「～を除く」と明記したほうがいいでしょう。
４、労使慣行を一方的に変更できると思いますか？
「労使慣行は就業規則に書いてないから変えちゃえ！」ということはできません。繰り返し実行されている労使慣行は就業規則と同等の意味をもちます。